De conformidad con la normatividad de la Conferencia, recaen sobre la Presidencia responsabilidades como convocar y presidir tanto a la Asamblea General, órgano máximo de la Conferencia Interamericana, como al Comité Permanente, y a la Junta Directiva del CIESS, abriendo y clausurando sus sesiones y dirigiendo sus debates; teniendo, además, voto de calidad en dichos órganos, en caso de empate.
Tradicionalmente, la Asamblea General de la Conferencia ha elegido al Instituto Mexicano del Seguro Social para ocupar la Presidencia de la organización, en reconocimiento a los enormes esfuerzos que presta tanto la institución como el Estado mexicano para la existencia misma de la organización; en este sentido, el IMSS ha ocupado la Presidencia de manera ininterrumpida desde 1951, cuando fungió como presidente de la CISS el entonces Director General del IMSS, Antonio Díaz Lombardo, y hasta el día de hoy con el Director General Zoé Robledo Aburto.
Cabe mencionar que, cada 3 años, la Asamblea General, previendo la posible ausencia del Presidente, elige 3 vicepresidentes, que sustituyen al Presidente por turnos anuales.