Al frente de este órgano se encuentra un (a) Contralor (a), funcionario (a) que dura en su encargo tres años, con posibilidad de reelegirse, que debe ser de nacionalidad distinta a la del Secretario General de la Conferencia, y quien ejerce sus funciones ad honorem con sede en su país de origen, de manera autónoma e independiente.
Si bien el Contralor no forma parte de ninguno de los órganos colegiados de la Conferencia, las normas del organismo dictan que puede participar con ejercicio del derecho a voz en las sesiones de la Asamblea General, el Comité Permanente, y la Junta Directiva del Centro Interamericano de Estudios de Seguridad Social (CIESS).
Entre las funciones de la Contraloría se encuentran las siguientes:
- Ejercer la vigilancia y supervisión para que el manejo financiero y presupuestario de la Conferencia se ajuste a los mecanismos de control establecidos por sus órganos de gobierno.
- Emitir recomendaciones a los órganos de la CISS para el adecuado funcionamiento financiero de la misma.
- Recabar en tiempo y forma los resultados de la auditoría externa que encargue de manera conjunta con la Secretaría General de la Conferencia.
- En coordinación con la Secretaría General, realizar un análisis prospectivo de las finanzas de la CISS, en el cual se revisen los supuestos para la planeación de ingresos y gastos de la Conferencia, durante los siguientes tres años.
Actualmente, la Contraloría se encuentra bajo la dirección de Nicolás Starck Aguilera, designado Contralor por la Asamblea General de la Conferencia, en septiembre de 2022.