Al frente de este órgano se encuentra un (a) Contralor (a), funcionario (a) que dura en su encargo tres años, con posibilidad de reelegirse, que debe ser de nacionalidad distinta a la del Secretario General de la Conferencia, y quien ejerce sus funciones ad honorem con sede en su país de origen, de manera autónoma e independiente.
Si bien el Contralor no forma parte de ninguno de los órganos colegiados de la Conferencia, las normas del organismo dictan que puede participar con ejercicio del derecho a voz en las sesiones de la Asamblea General, el Comité Permanente, y la Junta Directiva del Centro Interamericano de Estudios de Seguridad Social (CIESS).