À frente deste órgão encontra-se um (a) controlador (a), funcionário (a) que dura no seu cargo três anos, com possibilidade de reeleger-se, que deve ser de nacionalidade diferente da do Secretário Geral da Conferência, e quem exerce as suas funções ad honorem com sede no seu país de origem, de forma autónoma e independente.
Embora o Controlador não faça parte de nenhum dos órgãos colegiados da Conferência, as normas do organismo ditam que ele pode participar com exercício do direito de voz nas sessões da Assembleia Geral, do Comitê Permanente e da Diretoria do CIESS.
Entre as funções do Controlador estão as seguintes:
- Exercer a vigilância e supervisão para que o manejo financeiro e orçamentário da Conferência se ajuste aos mecanismos de controle estabelecidos por seus órgãos de governo.
- Apresentar relatórios anuais ao Comitê Permanente e trienais à Assembleia Geral Ordinária.
- Emitir recomendações aos órgãos da CISS para o bom funcionamento financiero.
- Recolher em tempo útil e formar os resultados da auditoria externa encomendada em conjunto com o Secretariado Geral da Conferência.
- Em coordenação com a Secretaria-Geral, realizar uma análise prospectiva das finanças da CISS, na qual se revisem os pressupostos para o planejamento de receitas e despesas da Conferência, durante os próximos três anos.
Atualmente, a Controladoria está sob a direção de Nicolas Starck Aguilera.