De conformidad con los artículos 25 y 51 del Estatuto de la Conferencia, se deben realizar dos auditorías sobre el manejo financiero y presupuestario de la organización: una, realizada por un despacho auditor externo, otra, realizada por la contraloría interna de la organización.
Auditoría interna
La Conferencia cuenta con un Programa de Auditoría Interna cuyo propósito es permitir una valoración independiente de las operaciones contables y financieras y de las disposiciones administrativas y legales que corresponden a la Conferencia, esto con la finalidad de mejorar el control, eficiencia y eficacia en la utilización de los recursos y coadyuvar al fortalecimiento de la institución (Art. 26° del Reglamento Financiero).